Die Budaer Berge verbergen das längste Höhlensystem Ungarns, ein 33 Kilometer langes Labyrinth, das vor über zwei Millionen Jahren von Thermalwasser geformt wurde. Die Pál-völgyi-Höhle, 1904 von Steinbrucharbeitern entdeckt, die durch eine Kalksteinwand brachen, erstreckt sich mehr als 7.000 Meter unter den Wohnstraßen im zweiten Bezirk der Stadt. Die 1930 kartierte Szemlő-hegyi-Höhle offenbart eine völlig andere Geologie: Ihre Kammern sind nicht mit Stalaktiten geschmückt, sondern mit blumenkohlartigen Aragonit-Clustern, die entstanden, als mineralreiche Thermalquellen während des späten Pliozäns in umschlossenen Lufttaschen verdunsteten. Beide Höhlen bleiben aktive Forschungsstandorte. Die Ungarische Speläologische Gesellschaft unterhält Überwachungsstationen, die den Kohlendioxidgehalt, die Luftfeuchtigkeit und mikroklimatische Veränderungen über die Jahreszeiten hinweg verfolgen. Die tiefsten Gänge von Pál-völgyi wurden 2001 mit dem benachbarten Mátyás-hegyi-System verbunden, wodurch die gesamte kartierte Länge die 30-Kilometer-Marke überschritt und ihren Status als drittlängstes Höhlensystem Mitteleuropas sicherte. Führungen folgen festgelegten Routen, die in den 1980er Jahren installiert wurden, als die Höhlen unter der Verwaltung des Nationalparks Duna-Ipoly erstmals der Öffentlichkeit zugänglich gemacht wurden. Die Mineralformationen in Szemlő-hegyi ziehen seit den 1970er Jahren die medizinische Aufmerksamkeit auf sich, als Atemtherapeuten beobachteten, dass eine längere Exposition gegenüber der stabilen 12 °C kühlen Luft und 95 % Luftfeuchtigkeit der Höhle die Symptome bei Patienten mit chronischer Bronchitis verbesserte. Bis 2011 betrieb eine Speleotherapie-Klinik innerhalb der Höhle beaufsichtigte Atemsitzungen in versiegelten Kammern. Diese medizinischen Räume sind entlang der Standard-Wanderroute weiterhin sichtbar; ihre Bänke und Überwachungsgeräte sind als Teil der modernen Geschichte der Höhle erhalten geblieben. Über Tage liegen beide Standorte innerhalb des Landschaftsschutzgebiets Budaer Berge, einer 10.000 Hektar großen Zone, die 1978 eingerichtet wurde, um die städtische Zersiedelung an den geologisch empfindlichen Hängen zu begrenzen. Die Höhleneingänge sind bescheiden: Der Zugang zur Pál-völgyi-Höhle befindet sich in einem Parkplatz am Hang an der Szépvölgyi-Straße, während sich der Eingang zur Szemlő-hegyi-Höhle hinter einer niedrigen Betonfassade in der Pusztaszeri-Straße befindet. Keine großen Besucherzentren markieren die Standorte. Die Infrastruktur ist bewusst minimal gehalten, um den Charakter arbeitender Forschungshöhlen zu bewahren, die die Öffentlichkeit nach stündlichem Zeitplan empfangen.